在剑与魔法的世界，不能修炼任何魔力与斗气的人类身处于种族之林的最底层，被魔族、精灵等其余种族视为牲畜与奴隶饱受摧残，随时随地都有亡族灭种的可能性。
西历元年，在人族这一至暗时刻，来自异界的女神西尔维娅降临。
她赐予人类能够同异族魔力与斗气相抗衡的圣能，使人族得以维持种族的延续。
女神有言：“除却人类子民外，异族皆为邪恶。为了星球的延续，异端必须被肃清，而她们之中的强者需送往‘天国之门’接受审判”。
绵延千年的“圣战”就此拉开序幕。
接近两千多年的时间里，人类凭借圣能与自身发展的工业与科技，以一族之力对抗所有亚人异族，并且逆风翻盘，逐渐将越来越多的非人种族亡族灭种。
异族将人类视为星球的蛀虫，从而组成联合对抗，她们之中诞生了获得星球赐福的十二使徒，但血肉之躯在人类的钢铁巨炮之下自然是无济于事，不断有异族的领袖与使徒被送往女神所处的“天国之门”接受审判，可随着战争的延续，世间不仅没有变好，反倒是充斥着荒漠与天灾，沦为一副末日的景象。
星球濒临毁灭之际，人类才看清了世界的真相，女神西尔维娅才是侵吞世界的幕后黑手，而人类早已沦为可耻的帮凶，正主动毁灭自己赖以生存的母星，人族又该何去何从？
西历1850年，战事加剧。
人类联邦总统以身入局，诱骗现存的六名使徒也就是各族首领进行和谈，以数座城市覆灭为代价将她们一网打尽。
年轻的装甲列车长莱昂临危受命，负责押送最后的六名使徒前往“天国之门”，她们将在那里接受女神的审判，而女神大人也将兑现承诺，为人类建立所谓的“地上天国”。
一路上，押送使徒的装甲列车遭受到了失去首领的各个异族决死反扑，战局危如累卵，绝境中女神西尔维娅降临，“拯救”了装甲列车上的所有人。
实际上，这最后的六名使徒对于女神至关重要，只要吞噬获得星球赐福的十二使徒，便代表着星球的抵抗意志彻底瓦解，届时女神便可以轻易地吸干星核能量，而带给世间所有生灵的无疑是最终毁灭。
了解所有真相的列车长莱昂面对女神“参观”使徒的命令，又该做出何等选择？
是为了星球与人类的存续放手一搏，还是眼睁睁看着一切发生迎来最终毁灭？
一场渺小人类与女神大人之间的暗战就此展开…
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